La causa fue un accidente de un soldado, llamado Juliet Douglas, que mató a un niño por accidente. Eso fue el detonante de la guerra, puesto que la situación ya de antemano había sido muy tensa entre ambos bandos. Este hecho fue una invencion del ejercito para encubrir los verdaderos propositos.

En realidad la guerra fue provocada por un comando de soldados especiales a los cuales se les ordenó iniciar abiertamente una gran destrucción en Ishbal. Estos mismos luego fueron apresados y llevados al laboratorio nº 5, donde fueron transmutados en quimeras, pero no todas de las cuales sobrevivieron. El objetivo de esto fue forzar a Ishbal a crear la Piedra Filosofal. Tal cosa no ocurrió, y la guerra continuó hasta 1907, cuando se decidió la intervención de los Alquimistas Nacionales, que utilizando los poderes potenciadores de las piedras carmesi proporcionadas por Marco contra su voluntad, convirtieron la situación en un genocidio a gran escala, diezmando casi hasta la desaparición al pueblo de Ishbal. Sólo algunos de ellos consiguieron escapar.

Los doctores Rockbell estaban en esta guerra curando a los heridos, tanto a gente de Ishbal como a gente del ejercito. Murieron a manos de Roy Mustang que seguía órdenes estrictas de matarlos por curar a gente de ambos bandos.