Es un amplificador del poder alquímico, que permite ignorar el Principio de Intercambio Equivalente. Su creación es un secreto perseguido por muchos, y conseguido por pocos. Los militares la ansían, así como los homunculos, ambos por poder, y los segundos también para así convertirse en humanos completos. Sin embargo, completarla implica un enorme gasto: una cantidad muy alta de vidas humanas han de sacrificarse para ello. Dado que la Piedra es la condensación de la energía almacenada en los humanos, cada vez que se usa, y dependiendo de las dimensiones y carácter de la transmutación, se consume parte de dicha energía, y por tanto parte de la Piedra desaparece.

En el manga, Father crea a los 7 homúnculos con 7 Piedras Filosofales. Además, es posible que posea una en su propio cuerpo.